秋冬季紫花苜蓿蟲害較易受到忽視，如能做好這個時期的病蟲害防治工作，則對殺死越冬病蟲害、削減下一個生長季的病蟲源有著重要的意義，是紫花苜蓿田重要的防治措施之一，有事半功倍的效果。
秋后滅茬許多害蟲、病菌在紫花苜蓿的地表殘茬上越冬，秋、冬季舉行滅茬處理，會清除大量的病蟲害原體，削減次年頭侵染源。
放牧舉行有針對性的放牧，牲畜會將大量苜蓿殘茬及雜草吃掉，也就會將害蟲、病菌吃掉、清除、外攜。但有一些種類的害蟲蟲卵、病菌在牲畜腸胃中能夠繼續(xù)生計，隨著糞便留在田里，成為次年的病蟲害初侵染源。
機械滅茬機械耙耱將殘茬破碎、掩埋，改變殘茬對病蟲害形成的原有生計條件，到達清除目的。此種方式處理，殘茬依然留在田間，清除作用有限，要結合其它防治措施配合使用。
焚燒徹底有用的方式，對殘茬上的病蟲害原體殺滅率險些是百分之百，同時很經(jīng)濟。但要注重防火，許多情況下不實用。
注重滅茬在晚秋、冬季和早春均可，根據(jù)現(xiàn)真相形機動運用，不能影響苜蓿休眠前的營養(yǎng)累積和春季返青。
澆灌澆灌能惡化病蟲害的生活條件，抑制或殺死病蟲害原體，尤其是冬季澆灌的效果更為顯著。同時，冬季澆灌有利于苜蓿越冬和翌年返青。
農(nóng)藥防治秋季收割后至次年返青生長有著相當長的一段時期，在此期間使用農(nóng)藥，既能有用地殺滅各種病蟲害，又能較大限度地削減次年紫花苜蓿產(chǎn)品中的農(nóng)藥殘留量，是一個較佳的農(nóng)藥使用期，但需要注重低溫對藥效的影響和農(nóng)藥對有益生物的作用。