(1)蚜蟲、紅蜘蛛、白粉虱、薊馬等，可用3％自然除蟲菊酯或25％魚藤稀釋800～1000倍液，對蚜蟲有特效。40％三氯殺螨醇兌水1000倍，是專用殺螨劑。用黃色塑料板涂重油，誘殺白粉虱成蟲。噴施兌水1000倍的50％殺螟硫磷等內吸劑與土壤內施用15％涕滅克或3％呋喃丹，對防治薊馬均有較好效果。
(2)莖腐病，重要為害莖和根部。發(fā)病初期，根莖部出現(xiàn)淡褐色的病斑，嚴重時植株枯死。防治方式為輪作、土壤消毒及藥劑防治。發(fā)病初期向發(fā)病部位噴施40％乙膦鋁可濕性粉劑200～400倍液，或用50％敵菌丹可濕性粉劑1000倍液澆灌植株根莖部。
(3)苗腐病，重要為害幼苗。發(fā)病初期幼苗近土表的基部或根部呈水漬狀，較后腐爛，以致全株倒伏或調萎枯死。發(fā)病初期可噴灑50％多菌靈可濕性粉劑800倍液或75％百菌清可濕性粉劑800倍液。
(4)草銹病，重要為害葉片、嫩莖和花萼。發(fā)病初期，可噴灑15％粉銹寧愿濕性粉劑2000倍液或65％代森鋅可濕性粉劑500倍液。
(5)葉枯病，重要發(fā)生于葉部和莖部。發(fā)病初期，可噴灑等量式波爾多液，或65％代森鋅可濕性粉劑600倍液，或50％萊本特可濕性粉劑2000～2500倍液。
(6)灰霉病，是溫室內栽植金魚草的重要病害。植株的莖、葉和花皆可受害，以花為主。發(fā)病初期，選用70％甲基托布津可濕性粉劑1000倍液，或50％多菌靈可濕性粉劑800倍液噴霧防治。每隔10～15天噴1次，連噴2～3次。